Durante varios años un grupo de magistrados del Tribunal Superior de Justicia sostuvo una lucha permanente con el Poder Ejecutivo, a fin de preservar su autonomía; sin embargo, se llevó a tal extremo la diferencia que terminaron violando la ley.
Con la transición democrática, los poderes Ejecutivo y Legislativo abrieron la posibilidad de que al Poder Judicial llegaran, vía carrera judicial, los mejores hombres y mujeres del conocimiento y la práctica jurídica del estado de Tlaxcala.
Desde el principio el proceso se contaminó de política partidista y de los 14 magistrados que debieron elegirse en un primer momento, la mitad respondieron a las directrices del Revolucionario Institucional y los otros a los del sol azteca.
El Poder Ejecutivo creyó que las siete posiciones cabildeadas las podía mover como quisiera y ahí vino el primer desacuerdo, lo que motivó una controversia constitucional, que ganaron los magistrados del Tribunal Superior de Justicia del Estado.
El cambio del Poder Ejecutivo estatal del Partido de la Revolución Democrática al de Acción Nacional que se registró con el proceso electoral de 2204, provocó diferencia también en el Poder Judicial local, que concluyó con algunas reformas contenidas en una de las llamadas reformas de Estado.
Los magistrados defendieron la inamovilidad; sin embargo, se negaron a transparentar su ejercicio, lo que motivó que la sociedad no tuviera una opinión favorable para el trabajo o posición de los integrantes del Tribunal Superior de Justicia.
La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) ha decidido que se vayan los magistrados de plazo cumplido y entren los que ganaron su plaza por concurso, aunque no se cumple el propósito de que a esa instancia lleguen los mejores, sino aquellos que de alguna manera siguen sirviendo al poder.
